Menetelmä erottaa molekyylejä hyödyntämällä niiden kykyä erityisesti sitoutuvat muiden molekyylien. On olemassa useita erilaisia biologisia affiniteetti kromatografia. A biologinen molekyyli voi olla seisonta ja pienempi molekyyli (ligandi, vaihtoehtoisiin,) se on sitoa kiinni, tai pienempi ligandi seisonta ja makromolekyyli tarttunut siihen. A vaihtoehto on käyttää vasta seisonta molekyylin ja käyttää sitä "kaapata" sen antigeenin: tätä kutsutaan usein immuno-affiniteetti kromatografia. A on pseudo affiniteetti kromatografia, jossa yhdiste, joka on kuin biologinen ligandi on liikkumaton kiinteän aineen ja entsyymejä tai muita proteiineja on sidottu siihen. Muut tekniikat ovat metalli affiniteetti kromatografia, jossa metalli ion on liikkumaton vankka kannatus: metallin ioneja sitoa tiukasti ja erityisesti monia biomolekyylien. Metalli-ioni on sidottu chelator tai kelatoivia ryhmän kemialliseen ryhmään, joka sitoo erityisesti ja äärimmäisen tiukasti, metalli.