Tekniikka, joka määrittää päällekkäisten kloonatun DNA katkelmia muodossa yksi jatkuva segmentin kromosomin. These fragmentit voidaan tuottaa satunnaisia leikkaamista tai osittainen ruoansulatusta neljä-emäsparin leikkuri kuten Sau 3A. Sarja siirtomaa hybridizations toteutetaan, aloittaen kloonatun fragmentti, joka on jo todettu ja joka on tunnettu alueella sisältyvistä päällekkäisiä klooneja. Tunnistaa fragmentti käytetään anturi poimia klooneja sisältävien vierekkäisten sekvenssejä. Nämä sitten käytetään koetin itse tunnistaa klooneja kuljettaa sekvenssejä vieressä niitä ja niin edelleen. Jokaisen kierroksen hybridisaatio, yksi "kävelee" eteenpäin kromosomi ensimmäisen osan.