Polypeptidi, joka teki rekombinantti-geenin, joka sisältää osia kahdesta tai useammasta eri geenit. Eri geenejä on liitetty niin, että niiden koodausta sekvenssit ovat samat lukukehyksen: geneettinen laite lukee geenien fuusio kuin yhden geenin ja niin tuottaa fuusio-proteiinia. Tunnetaan myös nimellä hybridi proteiini tai kimeerinen proteiini. Nämä proteiinit käytetään:

-affiniteetti tunnisteen proteiini,

-tuottaa peptidi osana suurempia proteiini, joka on sitten leikattu, kun se on tehty kloonaamalla;

-tuottaa kaksi luonnollisia proteiineja; tai

- tuottaa proteiini, jossa kaksi eri toiminta liittyy fyysisesti yhdistettyjen ominaisuuksien proteiini.